Organización interna
La Prelatura Apostólica Corpus Christi, tuvo a bien disponer de de una estructura jerárquica con el objetivo de mantener el orden y el conducto regular a nivel interno y proyectar hacia los clérigos y fieles una mejor forma de gobernar y santificar a cuantos el Señor vaya adhiriendo a esta comunidad.
Consejo Superior
Es el máximo organismo a nivel interno, quien rige, dirige y acompaña los procesos de toda índole en nuestra Prelatura.
Este consejo lo conforman los Señores Obispos, el padre canciller, el padre ecónomo, los vicarios y delegados de cada una de las provincias.
Consejo Económico
Conformado para llevar a cabo la transparencia en las arcas, recaudos, fondos, aportes, préstamos y demás temas que competen a la economía interna.
Este consejo está en cabeza de los Señores Obispos y quien lo dirige es el padre Adolfo.
Consejo Disciplinario
Es el encargado de acompañar los procesos que requieren de su intervención en cuanto a faltas y quejas impuestas a nuestros sacerdotes; desde este consejo, se determina si requiere llamado de atención o, en el peor de los casos, suspensión.
Está conformado por el Señor Obispo Jesús Nayid, el padre Never y el padre John Morales.